Peña Gómez nació el 6 de marzo de 1937 en la loma de El Flaco, Cruce de Guayacanes, sección de Mao, municipio cabecera de la provincia Valverde. Sus padres fueron los inmigrantes haitianos Vicente Oguís y María Marcelino. Peña Gómez fue adoptado cuando era un bebé por un campesino dominicano cuando sus padres se vieron obligados a huir de nuevo a Haití, debido a la masacre llevada a cabo contra los haitianos en 1937 por el dictador Rafael Leónidas Trujillo.
La familia crió y educó a Peña Gómez como su propio hijo dándole su apellido, acción que se reflejó más tarde en su interés por los pobres. Una de las ironías que marcaron su vida pública fue darse cuenta que su compañero de boleta en 1994 resultó ser nada más y nada menos que Fernando Álvarez Bogaert, hijo de la familia propietaria de la finca donde creció.
Como resultado de su crianza, Peña Gómez se basó en su voraz apetito intelectual para complementar una educación temprana. A los 8 años de edad, trabajó en una tienda de abarrotes y en un bar, durante su adolescencia, había tomado puestos de trabajo como zapatero y aprendiz de barbero.
En 1952, a los 15 años de edad se convirtió en instructor en programa de alfabetización para los niños pobres de su provincia natal y más tarde trabajó como profesor en las escuelas rurales. En 1959, se trasladó a Santo Domingo, donde se matriculó en un curso de radiodifusión y demostró un talento tan natural que una estación de radio rápidamente lo contrató para anunciar los juegos de béisbol y otros eventos deportivos.
En 1961 realiza un curso de Ciencias Políticas en San José, Costa Rica; participando en ese mismo año en un curso de Educación Política en San Juan de Puerto Rico.
En 1962 continúa su capacitación en Ciencias Políticas, esta vez en las Universidades de Harvard y Míchigan, en Estados Unidos.
En 1970 se graduó de Doctor en Ciencias Jurídicas en la Universidad Autónoma de Santo Domingo. Y en ese mismo año obtiene el Doctorado en Derecho Constitucional y Ciencias Políticas en la Sorbona de París.
Desde 1961, Peña Gómez se convirtió en seguidor de Juan Bosch, el entonces líder del Partido Revolucionario Dominicano. Bosch ganó las elecciones presidenciales de 1962, el primer presidente democrático en 32 años, pero su gobierno fue derrocado en un golpe militar el 25 de septiembre de 1963. En 1965, Peña se reveló y por medio de la radio donde laboraba como locutor llamó a la insurrección popular contra el golpe militar pidiendo el retorno de Bosch. El Presidente de EEUU Lyndon Johnson ordenó una invasión militar para evitar lo que temía era un posible movimiento comunista en el país. Sin embargo, Peña Gómez usó sus habilidades oratorias en oposición a esa intervención. Al final, una negociación forzada llevó a Joaquín Balaguer a la presidencia y al PRD a una larga oposición para los próximos 12 años. La represión por parte de Balaguer fue intensa durante todo ese período.
Refugiado en Francia, Peña Gómez estudió ciencias políticas y derecho constitucional y ley laboral durante dos años en la Universidad de París. En el exilio, también estuvo involucrado en los esfuerzos para obtener la condena internacional de violaciones de los derechos humanos en la República Dominicana, y donde estableció relaciones con grupos internacionales que serían importantes para el resto de su vida.
Antes de 1973, Juan Bosch y Peña Gómez tuvieron un enfrentamiento que resultó en la ruptura de Bosch con el partido que había fundado y con la creación de uno nuevo. En noviembre, Bosch renunció para formar el Partido de la Liberación Dominicana. Bajo el liderazgo de Peña, el PRD ganó las elecciones presidenciales de 1978 con Antonio Guzmán y de 1982 con Salvador Jorge Blanco, y él mismo fue síndico de Santo Domingo desde 1982 a 1986. Esta posición automáticamente lo convirtió en un fuerte contendiente para la presidencia. Pero su partido lo hizo a un lado en 1986, con el argumento de algunos de sus líderes de que sería imposible que un hombre negro, especialmente uno de ascendencia haitiana, pueda convertirse en presidente. Peña perdió las primarias de Jacobo Majluta, después de que una revuelta violenta se produjera en el hotel Dominican Concorde, el lugar donde tuvo lugar el encuentro. Ese episodio es recogido en la historia como «el concordazo» y para que se pudiera presentar un candidato en las elecciones del 16 de mayo de 1986 el entonces presidente Salvador Jorge Blanco debió promover lo que se denominó como «Pacto la Unión». Con el PRD marcado por las luchas internas y el descontento generalizado por la corrupción, bajo la presidencia de Jorge Blanco, Balaguer volvió a ser reelegido.
En 1990, Peña ganó la candidatura. Con un partido debilitado, Peña se postuló para la presidencia, quedando en tercer lugar detrás de Balaguer del Partido Reformista Social Cristiano y Bosch del Partido de la Liberación Dominicana.
En 1994, el PRD estuvo consolidado y motivado. La campaña presidencial fue violenta y sucia, y Peña perdió de Balaguer en unas elecciones muy cerradas, marcada por fuertes irregularidades y fraude. Peña convocó una huelga general que fue apoyada ampliamente por sus seguidores y después de las protestas internacionales y de intensas negociaciones, Balaguer anunció que iba a dejar el cargo antes de tiempo en 1996 tras cumplir siete periodos presidenciales.
En la encuesta de 1996, Peña ganó en primera vuelta, pero no llegó a la mayoría necesaria. En la segunda vuelta, Leonel Fernández, un abogado que representaba el PLD en ese entonces, obtuvo una estrecha victoria, debido a una alianza entre el PLD y el PRSC.
Como locutor y presentador de unos de los programas de radio más populares de la época hizo un llamado a la sociedad dominicana en abril de 1965 a lanzarse a las calles para exigir la vuelta a la constitucionalidad, en horas la ciudad capital estaba abarrotada de gentes en las calles.
Luego de que el Dr. Balaguer le robara elecciones (1994) fue el propulsor de un acuerdo entre los principales líderes políticos de la época, este acuerdo fue llamado Pacto por la Democracia en el cual se acordó la no reelección, la reducción del gobierno de balaguer, la celebración de elecciones en mayo del 1996, entre otras cosas.
Impulso la inclusión de la doble nacionalidad en la constitución de la República Dominicana, logrando los dominicanos gozar de dos nacionalidad sin perder la nacionalidad dominicana.
Fue vicepresidente de la Internacional Socialista, sindico de Santo Domingo, presidente del PRD y candidato presidencial del mismo.
En la poblada de abril del 1984 jugo un importante papel evitando un posible golpe de estado al gobierno de su partido.
Poco después de 1994 comenzaron los primeros síntomas del cáncer pancreático que aquejaba a Peña Gómez. La enfermedad cedió después de un tratamiento en los Estados Unidos. Más tarde, el cáncer reapareció, y Peña Gómez pasó la mayor parte del resto de su vida yendo y viniendo entre Santo Domingo y Nueva York, donde fue sometido a tratamiento médico.
Finalmente murió de un edema pulmonar el 10 de mayo de 1998 en Cambita Garabito, San Cristóbal, 6 días antes de las elecciones congresionales y municipales donde se postulaba como síndico de Santo Domingo. Después de su muerte el PRD logró mayoría en las elecciones de ese año.
Peña Gómez estuvo casado tres veces, la primera vez con Julia Idalia Guaba Martínez con quien tuvo cuatro hijos: Lourdes Fátima, Luz del Alba (Luchy), José Francisco (José Frank) y Francisco Antonio (Tony).
Su segundo matrimonio con Ana Rosa Meléndez (quien fuera Directora del Museo de Arte Moderno Dominicano), procreó a María Rosa.
Su último matrimonio fue con Alba María «Peggy» Cabral Cornero, hija del escritor dominicano Manuel del Cabral, y con quien no tuvo hijos. Peña tuvo 9 hijos en total.
Peña Gómez fue uno de los líderes más populares de la historia política reciente en la República Dominicana, especialmente entre las masas pobres. En el momento de su muerte, con sus admiradores que convergen en Santo Domingo de todas las áreas del país, el gobierno dominicano tuvo que aceptar que su cuerpo se mostrará en el Estadio Olímpico Félix Sánchez, del Centro Olímpico Juan Pablo Duarte para dar cabida a la multitud que lo esperaba.
Peña Gómez en la República Dominicana es sinónimo de democracia, debido a sus discursos populistas. Su gran poder de convocatoria y su gran oratoria lo hacía llenar puentes y avenidas en tiempos de campaña electoral. Quizás su mayor defecto radicaba en su carácter efusivo y vehemente, su personalidad temperamental a veces lo llevaba a cometer errores, que luego eran utilizados en su contra de manera ruin por su rival Joaquín Balaguer en las campañas. Una vez en uno de sus muy concurridos discurso dijo «Pooooorque si me tocan… la República Dominicana cogerá fuego por la’ cuatro’ esquina’ compañero», frase que fue muy utilizada en su contra. Debido a su ascendencia haitiana, fue víctima de mucho racismo, incluso por miembros de su partido político. Su verdadero origen siempre ha sido tema de discusión en la República Dominicana. Aunque la versión más aceptada es la que existe en su biografía actual, Peña nunca negó ni confirmó oficialmente su verdadero origen.
Intelectual como el que más, Peña Gómez tenía en su haber 4 títulos académicos y dominaba 7 idiomas, entre los que se encuentran, inglés, francés, italiano, portugués, alemán y ruso.
Fue Vicepresidente de la Internacional Socialista y Presidente del Comité de la IS para América Latina y el Caribe, SICLAC. Después de su muerte su esposa Peggy Cabral tomó su lugar.
También es conocido por ser el creador implícito del tristemente célebre «Dos más Dos» una fórmula política creada para permitir que dos candidatos tomen posesión de un escaño en el Senado, consecutivamente, durante un período electoral. Fue creado para complacer a los miembros inconformes del PRD que no concederían la victoria a otro miembro de ganar para el mismo lugar. Aunque sea una medida claramente anti-democrática, existe una laguna en la Constitución Dominicana, que permite a un funcionario electo «negociar» o cambiar su asiento a favor de los miembros de su propio partido con todos los privilegios de un senador.
Solía llamar a los miembros de su partido con el mote «compañero».
En su honor, el aeropuerto más importante de la República Dominicana pasó a llamarse de Aeropuerto Internacional Las Américas (AILA) a Aeropuerto Internacional Las Américas – JFPG incluyendo las siglas de su nombre.
Una película de Agliberto Meléndez, estrenada el 30 de noviembre 2015, Del Color de la Noche, traza la vida de José Francisco Peña Gómez, desde la perspectiva de la dificultad de acceso de un negro al lugar que se merece y de su propia lucha por la igualdad.
Texto: Miguel Cruz Tejada.